Die Jugendvertreterversammlung (JVV) ist das höchste Organ der Naturschutzjugend im LBV und tagt mindestens einmal im Jahr. Auf der JVV treffen sich aktive NAJU Mitglieder um sich auszutauschen, mitzubestimmen und Spaß zu haben. In dem demokratischen Vereinsgremium werden u.a. Anträge von Mitgliedern eingebracht und besprochen, die Landesjugendleiter für die folgenden zwei Jahr gewählt, inhaltliche Schwerpunkte der NAJU festgelegt, der Bericht der Landesjugendleitung und der Kassenbericht besprochen und die Delegierten für die Bundesdelegiertenversammlung der Naturschutzjugend gewählt.

Zur JVV werden alle Kinder- und Jugendgruppenleiter und deren Stellvertreter geladen, sowie die Mitglieder der Landes-, Bezirks- und Kreisjugendleitung.

Alle Mitglieder der NAJU und des LBV können an der Jugendvertreterversammlung als Zuhörer teilnehmen.